В принципі, гідроенергетика вважається більш екологічною, ніж багато інших джерел енергії. Однак не слід недооцінювати вплив великих електростанцій на природне середовище та водні шляхи. Це особливо демонструють такі приклади Китаю, як гребля «Три ущелини».
Споживання землі через складські приміщення, необхідне переселення мешканців, затоплення культурних цінностей тощо. Екологічний вплив на флору та фауну, знищення природних річок, великі структурні зусилля для подолання перепадів висоти між верхньою та нижньою водоймами, наприклад, рибні сходи.
Гідроенергетика є найефективнішим методом виробництва електроенергії за допомогою складної технології. Нові гідроакумулюючі системи мають ефективність близько 80%. Сучасні руслові електростанції досягають загального ККД близько 90%.
Будівництво гідроелектростанцій, дамб тощо. може мати негативний вплив на природу та сприяти висиханню цілих ландшафтів. Оскільки течії річок змінюються, види риб також знаходяться під загрозою зникнення, якщо вони більше не матимуть доступу до місць нересту.
Гідроенергетика є відновлюваним джерелом енергії, але ані кліматично нейтральний, ані екологічний. Такий результат нового міжнародного дослідження 13 вчених. Тому греблі та водосховища завдають шкоди біорізноманіттю та мало сприяють захисту клімату.
Переваг гідроенергетики багато: Це відновлюваний, чистий, надійний, гнучкий і може забезпечити багато поколінь економічною електроенергією. Гідроенергетика не викидає в атмосферу забруднюючих речовин і має найнижчий рівень викидів порівняно з іншими видами виробництва електроенергії.