У новий час численні
на Юпітері спостерігали, найбільш значним з яких був зіткнення комети Шумейкер–Леві 9 у 1994 році.
Комета Шумейкер–Леві 9 (офіційна назва D/1993 F2) — комета, яка розпалася на частини в липні 1992 року та зіткнулася з Юпітером у липні 1994 року, забезпечивши перше пряме спостереження позаземного зіткнення об’єктів Сонячної системи.
Юпітер часто зазнає космічних зіткнень через його потужне гравітаційне тяжіння та близькість до головного поясу астероїдів. Зокрема, уламки роздробленої комети Шумейкера-Леві 9 зіткнулися з Юпітером у 1994 році, залишивши пошкодження в атмосфері, які астрономи могли бачити протягом кількох місяців.
Галілей змінив наш погляд на нашу Сонячну систему. Коли космічний корабель занурився в нищівну атмосферу Юпітера у вересні. 21, 2003, його навмисно знищили, щоб захистити одне зі своїх власних відкриттів — можливий океан під крижаною кіркою місяця Європа.
У 1994 році Комета Шумейкера-Леві 9 врізався в Юпітер, створивши вибух, який у тисячі разів потужніший, ніж ядерний арсенал Землі.
З 16 по 22 липня 1994 р. величезні шматки комети Шумейкера-Леві 9 (SL9), виявлений лише рік тому, врізався в Юпітер протягом кількох днів, створюючи величезні темні шрами в атмосфері планети та піднімаючи перегріті шлейфи в її стратосферу.