Селективну аутофагію можна додатково класифікувати на основі типу вантажу, наприклад, агрефагія включає деградацію білкових агрегатів, мітофагію включає деградацію пошкоджених мітохондрій, пексофагію включає деградацію пероксисом, а ксенофагію включає деградацію цитозольного патогена (Gatica та ін., 2018; Kirkin and Rogov). ..
Існує три основних типи аутофагії в еукаріотичних клітинах:макроаутофагія, мікроаутофагія та аутофагія, опосередкована шапероном (CMA)— і вони механічно відрізняються один від одного (Klionsky 2005; Massey et al. 2004).
Неселективна аутофагія — це в першу чергу реакція на голодування, тоді як клітини використовують селективну аутофагію для різноманітних цілей, включаючи ремоделювання для адаптації до змін навколишнього середовища/харчових умов і для усунення пошкоджених органел.
Різноманітність процесів селективної аутофагії було виявлено та названо відповідно до їх клітинних цілей, таких як мітофагія (мітохондрії), ретикулофагія (ER), ліпофагія (ліпідні краплі), пексофагія (пероксисоми), нуклеофагія (ядро), рибофагія ( рибосома) і лізофагія (лізосома).
Тут ми класифікуємо аутофагію на два етапи: рання стадія і пізня стадія. Рання стадія аутофагії охоплює утворення аутофагосоми, тоді як пізня стадія відноситься до наступних стадій після утворення аутофагосоми.
Селективна аутофагія дозволяє, наприклад, елімінація органел (мітофагія та пероксифагія), рибосом (рибофагія), патогенів (ксенофагія), спеціалізованих білків і сукупних білків. Селективна аутофагія включає рецептори аутофагії, присутні у фагофорі [30].