Розпочав кар'єру в молодіжній системі в
і дебютував за Данію у віці всього 18 років. Потім він продовжив грати за Ювентус і Барселона звідки він пішов у «Реал Мадрид» у 1994 році, у сезоні якого клуб також зробив ще одне велике підписання у формі Фернандо Редондо.
Після виступів у Бундеслізі Лаудруп переніс свій блиск до Італії, насолоджуючись успішними періодами у «Фіорентині» та «Мілані», перш ніж виграти три чемпіонські титули з «Рейнджерс» у Шотландії. Він також грав за Челсі та Аякс пізніше в його кар'єрі.
У «Барселоні» Лаудруп завоював дев’ять трофеїв, у тому числі чотири поспіль титули Ла Ліги з 1991 по 1994 роки та Кубок чемпіонів 1992 року., коли в 1994 році він перейшов до головного суперника, мадридського «Реала», з яким виграв свій п’ятий титул поспіль у Ла Лізі.
Міхаель Лаудруп, один із найкращих гравців свого покоління, міг грати в одній із найвидатніших команд Ліверпуля. У 1983 році зірка «Брондбю» хотіла приєднатися до них, він був уболівальником «Ліверпуля», але зрештою трансфер не відбувся через розбіжності, і поразка Англії стала перевагою Італії.
Сімейні проблеми призвело до того, що Лаудруп приєднався до Ajax. Реєстрація Лаудрупа була повернута до Челсі після того, як він залишив Копенгаген, тому Аяксу та Челсі довелося домовитися про суму трансферу. Він сказав: «Я отримав пропозиції від 15 клубів, і я відчуваю, що «Аякс» — правильний клуб для мене.
Лаудруп залишив Барселону на піку своїх сил ще в середині 1990-х років, після сезону триваючих розбіжностей з Кройффом через його брак ігрового часу порівняно з Ромаріо, Христо Стоїчковим і Рональдом Куманом — єдині три іноземці, яким правила дозволяли грати на той час.